سلبيات البنوك الإلكترونية:

صعوبة تحديد حجم السيولة لبنك معين فهناك التعاملات الداخلية والخارجية ولا يمكن حصرها ومعرفة حجمها وبالتالي لا يمكن تحديد حجم السيولة الناتجة وهذا سيعرض الدولة لمخاطرها.
احتمالية الاحتيال والنصب: فيمكن تزوير بعض البطاقات أو نسخ معلومات أشخاص آخرين خاصة في ظل هذا التطور التكنولوجي الهائل الذي يساعد في اختراق بعض المعلومات وخروجها عن السرية.
قد يحدث خطأ في استخدام هذه الآلية وأي خطأ سيؤدي إلى مشاكل وبالتالي عرقلة في عمله.
صعوبة التطبيق القانوني المناسب مثل البنك العادي.
قد يتعرض هذا النظام إلى أحد الفيروسات التي قد تتسبب في اختراق و تعطيل النظام.
خطر عدم الإلتزام بالعمليات التحويلية الخارجية الذي قد يعرض البنوك لضعف سياستها المتبعة.